CVSはユーザー名とパスワードを".cvspass"というファイルに保存します。
通常、CVSはホームディレクトリにあるファイルを読み込みますが、違う場所から読み込むようにしたいのであれば、絶対パスでファイルを指定してください。
ホームディレクトリから読み込むのであれば空欄のままにしてください。
CVSNTをしようしているなら(確認)、この設定はたぶん無効です。
理由を知りたければこの記述を確認してください。
この場合、手動で"cvs login"コマンドを起動してパスワードを入力する必要があります。
コマンドを実行したユーザーでHudsonが起動しているなら問題はありません。
しかし、Hudsonがサービスとして動作しているなら、まず最初にSYSTEMユーザーとしてCMD.exeを起動します。
そして、CVSコマンドをそこで起動します。
やり方については、 このドキュメントを参照してください。